"To jest naprawdę fantastyczny projekt, odtwarzający elementy historyczne i zabytkowe świątyni, a jednocześnie dający jej nowe tchnienie i funkcję" - powiedział na konferencji prasowej podsumowującej I etap rewitalizacji kościoła św. Jana, marszałek pomorski Mieczysław Struk. Prace przy odbudowie kościoła kosztowały ok. 15 mln zł, z czego ponad 11 mln zł uzyskano z Unii Europejskiej, prawie 3 mln zł dał samorząd województwa, a 900 tys. zł pochodziło z budżetu miasta Gdańska.
W ramach rozpoczętej w czerwcu 2009 r. renowacji kościoła ułożoną nową posadzkę, przeprowadzono prace konserwatorskie przy ceglanych ścianach i sklepieniach, odkryto przy tej okazji wiele ciekawych, niewidocznych do tej pory malowideł. Dokonano konserwacji 16 płyt nagrobnych, zrekonstruowano rzeźbione wrota pod wieżą. We wnętrzu tej ostatniej na potrzeby artystów występujących w Centrum św. Jana wykonano garderoby.
W świątyni zamontowano modułową scenę o wymiarach 12 na 7 metrów oraz trawersy, na których zawieszono profesjonalne oświetlenie oraz sprzęt nagłaśniający. Wielkie gotyckie okna w kościele można będzie zasłaniać elektrycznie sterowanymi roletami. Widownia składa się z 350 obrotowych foteli. Świątynię wyposażono także w 26 nowoczesnych żyrandoli.
Rewaloryzacja kościoła objęła także rekonstrukcję, na podstawie przekazu ikonograficznego z połowy XIX wieku, ogrodzenia wraz z dwoma bramami. Na potrzeby administracyjno-socjalne Centrum św. Jana odbudowano również dwie kamieniczki będące wiernymi kopiami budynków, które stały przy świątyni do 1945 roku. Dodatkowe prace w ramach I etapu rewaloryzacji kościoła św. Jana mają objąć jeszcze m.in. remont dachu. Mają się one zakończyć w 2012 r.
Uroczyste otwarcie Centrum św. Jana (tak brzmi nazwa obiektu na użytek świeckich imprez) zaplanowano na 24 czerwca. Wystąpi wówczas wokalistka Basia Trzetrzelewska.
Kościół św. Jana wzniesiono w XIV wieku. W 1945 roku znajdująca się w historycznym centrum Gdańska świątynia została poważnie zniszczona. Nie odbudowywano jej ani nie przekazano Kościołowi, obiekt funkcjonował jako swojego rodzaju symbol-pomnik. W latach 60. Janusz Morgenstern miał w jej zniszczonych wnętrzach nakręcić część zdjęć do filmu "Kolumbowie".
Dopiero w 1991 roku państwo przekazało świątynię archidiecezji gdańskiej, a ta - cztery lata później - oddała obiekt w użytkowanie Nadbałtyckiemu Centrum Kultury, które od tego czasu powoli odbudowuje kościół wykorzystując jego surowe, pozbawione niemal wszelkiego wyposażenia i ozdób wnętrze do celów kulturalnych. W Centrum św. Jana odbywają się koncerty, wystawy i spektakle teatralne. Jednocześnie kościół pełni funkcje sakralne - w każdą niedzielę gromadzi się w nim na mszach św. Duszpasterstwo Środowisk Twórczych Archidiecezji Gdańskiej.